Theo kết luận thanh tra, Thủ tướng đã có quyết định quy định việc các doanh nghiệp có quyền sử dụng đất cũ phải di dời được phép hợp tác đầu tư với nhà đầu tư khác để thực hiện dự án. Tuy nhiên UBND TP Hà Nội không có văn bản hướng dẫn và quy định cụ thể nên các doanh nghiệp 100% vốn nhà nước khi đưa vị trí đất vào hợp tác liên doanh đã xác định giá chưa sát thị trường.
Điển hình một doanh nghiệp không tổ chức đấu giá lựa chọn nhà đầu tư (tự thỏa thuận theo hình thức hỗ trợ) thu được giá thấp như:
Dự án số 1 Phùng Chí Kiên (Tràng An Complex của GP Invest); Dự án tại 365A Minh Khai; Dự án 167 Thụy Khuê (Five Star West Lake - Tập đoàn GFS); Dự án 69 Vũ Trọng Phụng (Rivera Park Hà Nội - của Công ty Long Giang Land); Dự án 47 Nguyễn Tuân (Goldseason - TNR làm chủ đầu tư); Dự án 108 Nguyễn Trãi (Dự án King Place của Anphanam); Dự án 44 Yên Phụ (Hanoi Aqua Central chủ đầu tư là Công ty Cổ Phần Tháp Nước Hà Nội); Dự án tại 430 Cầu Am (Dự án GoldSilk Complex của TNR)...
"Việc pháp luật không có quy định xác định lợi thế thương mại đối với giá trị quyền sử dụng đất cũng như việc đấu giá khi lựa chọn nhà đầu tư liên doanh, liên kết để chuyển mục đích sử dụng đất khi thực hiện dự án, đây là một trong những sơ hở chính sách gây thất thoát ngân sách nhà nước trong quá trình chuyển mục đích sử dụng đất và thực hiện dự án đất ở những bị trí đắc địa", thanh tra chính phủ kết luận.
Kết quả thanh tra cũng cho thấy trong số 38 dự án có 4 dự án chậm đưa đất vào sử dụng so với tiến độ quy định. Tuy nhiên, chỉ có một dự án được UBND TP Hà Nội xác định tiền chậm tiến độ dự án 47 Nguyễn Tuân (
Goldseason - TNR làm chủ đầu tư) với số tiền trên 13 tỉ đồng, còn lại 3 dự án không thực hiện như dự án tại 31 Láng Hạ, 108 Nguyễn Trãi (
King Place của Anphanam) và dự án
The Legacy tại đường Ngụy Như Kon Tum do Tổng công ty Thành An làm chủ đầu tư, gây thất thu ngân sách nhà nước.
Tại thời điểm thanh tra, TTCP còn phát hiện tám dự án nợ đọng tiền sử dụng đất, tiền thuê đất và tiền chậm nộp với tổng số tiền hơn 1.951 tỉ đồng. Đến nay, một số chủ đầu tư đã nộp hơn 1.106 tỉ đồng, số tiền còn nợ đọng là hơn 844 tỉ đồng. Đáng chú ý, tại dự án Trung tâm thương mại, văn phòng, căn hộ để bán và cho thuê 302 Cầu Giấy (
Dự án Discovery Complex), chủ đầu tư chuyển một phần diện tích từ đất thuê trả tiền hàng năm sang hình thức giao đất có thu sử dụng đất khi chưa được cho phép. Số tiền cần nộp bổ sung là hơn 403 tỉ đồng.
Cơ quan thanh tra còn phát hiện dự án tổ hợp khách sạn, thương mại, văn phòng và nhà ở thấp tầng tại 107 đường Xuân La (Dự án liền kề Dream Land của BIC Group) được chủ đầu tư khởi công xây dựng công trình khi chưa đủ điều kiện theo quy định, như chưa được bàn giao hồ sơ mốc giới giao đất tại thực địa; chưa có quyết định phê duyệt thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, chưa có giấy phép xây dựng…
TTCP đã kiểm tra 38 dự án ở vị trí đắc địa thì có tới 20 dự án vi phạm về trật tự xây dựng, nhiều dự án khác phải điều chỉnh cục bộ nhiều lần. Trong đó, Sở QH-KT Hà Nội chấp thuận điều chỉnh tổng mặt bằng và phương án kiến trúc đối với
dự án Phát triển nhà Phong Phú - Daewon Thủ Đức tại 378 Minh Khai (
chung cư Green Pearl), không phù hợp với quy hoạch phân khu, làm giảm diện tích đất cây xanh khu đất từ 7.600 m2 xuống còn 2.573,7 m2; tại dự án Tổ hợp khách sạn, thương mại, văn phòng và nhà ở thấp tầng tại 107 Xuân La (Q.Bắc Từ Liêm), TTCP còn phát hiện Bộ Xây dựng từng có văn bản hướng dẫn chủ đầu tư Công ty cổ phần đầu tư An Lộc thuộc đối tượng miễn giấy phép xây dựng đối với khu nhà ở thấp tầng, trái quy định pháp luật.
TTCP còn phát hiện tại dự án nhà ở cao tầng kết hợp dịch vụ, công cộng -
Sakura Tower tại 47 Vũ Trọng Phụng (Q.Thanh Xuân) được khởi công trước khi được UBND TP.Hà Nội chuyển mục đích sử dụng đất; trước khi cấp giấy phép xây dựng. Dự án này xây dựng công trình 28 tầng vượt 2 tầng căn hộ ở so với phương án kiến trúc và hồ sơ xin phép xây dựng; xây dựng 2 tầng kỹ thuật không đúng quy hoạch được phê duyệt và đã tự ý chuyển đổi công năng: tầng kỹ thuật giữa tầng 2 và tầng 3 cao 4,5 m, hiện cho thuê làm văn phòng; tầng kỹ thuật giữa tầng 11 và tầng 12 cao 3 m, hiện đã chia phòng thành 14 căn hộ ở đã bán cho khách hàng; xây dựng 78 căn hộ không đúng hồ sơ cấp phép, dẫn đến người mua nhà chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, gây bức xúc, ảnh hưởng đến quyền lợi người mua nhà.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ Xây dựng tổ chức kiểm điểm trách nhiệm trong việc hướng dẫn và thẩm định một số dự án; giao UBND TP Hà Nội tổ chức kiểm điểm trách nhiệm của tập thể, cá nhân qua các thời kỳ, đồng thời chỉ đạo các sở, ngành, đơn vị kiểm điểm trách nhiệm của tập thể, cá nhân qua các thời kỳ trong việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao, tham mưu, đề xuất, thiếu kiểm tra, đôn đốc, chậm phát hiện xử lý các sai phạm trong việc thực hiện chức năng quản lý nhà nước theo kết luận thanh tra.